お尋ねの従業員が所有する携帯電話の使用料等は、プライベート部分と職務の遂行に使用した部分とが混在すると考えられますが、貴社がその使用料等につき、その職務の遂行に基づいて使用した部分の金銭の支払について明らかに確認できるのであれば、借上料は、従業員の雑所得となり、給与所得として源泉徴収する必要はありません。
しかしながら、貴社が職務の遂行のために通常必要な範囲に係る使用料等を超えてその従業員に金銭等を支給する場合など、その支給額のうち従業員への賃貸料相当と認められないものが含まれているときは、その従業員に対する給与所得として源泉徴収が必要になる場合もあります。