所得税法で旅費を非課税扱いとしているのは、それが旅行費用の実費弁償であるとの考え方によるものであり、出張した場合に旅費として支給されるものであっても、通常必要とされる額を超える部分は給与所得とされることになっています。
お尋ねの場合、Aさんは甲社の用務で出張旅行をする限り、甲社からその旅行費用としての旅費の支給を受けるべきであり、また、甲社におけるAさん以外の人は、甲社の支給基準に基づく旅費のみが支給されていることから、甲社から支給される旅費は、たとえその支給額が貴社の旅費規程に基づく額に比べて低額であっても、旅費の持つ実費弁償という目的を達するものと考えられます。
このように考えますと、貴社がAさんに旅費名義で支払う金額は非課税扱いとはされず、給与所得として課税対象とすべきものと考えられます。