源泉所得税を誤って多く納付した場合には、過納付額と正当納付税額との差額は納税地の所轄税務署から還付されます。
御社は、『源泉所得税の誤納額還付請求書』を納税地の所轄税務署長に提出することにより還付を受けることになります。
このほか、納付しすぎた源泉所得税が給与所得に対するものである場合には、上記の「源泉所得税の誤納額還付請求書」に代えて「源泉所得税の誤納額充当届出書」を提出し、貴社においてその後に納付すべき給与所得に対する源泉所得税から、誤って納付しすぎた金額を控除して納付することにより還付を受けることもできます。
貴社の場合、給与所得についての源泉所得税を誤って納付しすぎたとのことですから、前述の方法のいずれかにより還付を受けて下さい。